Varanus rainerguentheri ist ein Mitglied der indicus-Gruppe und damit ein Mitglied aus der Untergattung Euprepiosaurus. Die Färbung auf dem Rücken ist graubraun bis schwarz mit verstreuten schwarzen Ozellen mit gelbem Zentrum. Diese können bei einigen Tieren so angeordnet sein, dass sie bis zu 10 Querbänder über den Rücken bilden. Die Färbung der Unterseite ist hellgrau mit einer dunkleren Netzzeichnung. Alle Gliedmaßen haben türkise Flecken, die auf der Oberseite Ozellen bilden. 138 - 139 Schuppenreihen sind um die Körpermitte angeordnet. Die Nasenlöcher sind etwas näher zur Schnauzenspitze als zum Augenvorderrand gelegen.
Der Schwanz ist an der Schwanzwurzel rund im Durchmesser, zum Ende hin seitlich zusammen gepresst. Ein deutlich sichtbarer Doppelkiel ist vorhanden. Die Zunge hat eine rosa Farbe mit dunklere Pigmentierung an den Spitzen und in der Mitte.
Die KRL beträgt 250 mm bei einer Gesamtlänge von 700 m.

Das Typusexemplar von Varanus rainerguentheri wurde in Jailolo auf Halmahera (Molukken, Indonesien) gesammelt. Ein weiters noch lebendes Exemplar dieser Waranart kommt von selben Fundort.

Bisher wurde über die Haltung und Nachzucht dieser Waranart noch kein Bericht veröffentlicht. Da Varanus rainerguentheri aber sehr nah mit anderen Vertretern der V. indicus-Gruppe verwandt ist, kann man sich bei der Pflege and die Vorgaben dieser Arten halten.